当然，张艺谋执导的影片和严歌苓撰写的小说还是有许多不相同的地方。

　　1．书中人物在影片中消失的有三个半。应该充分肯定的是，小说里的人物在影片中基本上得到了完整地保留，连人物的名字也一样。例如，在小说中出现的唱经班少女有16个，她们最大的年纪只有14岁;而妓女有14个，她们来自南京夫子庙的秦淮河边的一座妓院。30个女人在影片中均得到了保留。但在小说里，教堂里共有四个人，即两个神甫、两个雇工。他们是美国人英格里神甫，法比·阿多那多副神甫，教堂雇工阿顾和陈乔治。在影片中被消失的有副神甫法比和雇工阿顾，还有只出现了名字和遗像的神甫英格曼。在小说中，英格曼神甫可是绝对的主角，围绕他的文字贯穿全书始终，而在影片中，他有名无实，故笔者把他当作半个人物。小说中的老顾，是教堂里的厨师，他在外出教堂为大家冒死挑水时，被日军枪击倒在水塘里死去。副神甫法比是个扬州人，在小说展开的叙述中，有不少关于他的故事，如他几次出面与侵犯教堂的日军周旋，被日军弹伤肩部。在老顾死后，他承担了教堂里外出取水的任务。此外，小说中有三个中国军人，他们是，戴涛少校、李全有上士和小兵王浦生。在影片中只保留了两个中国军人，戴涛更名为李教官，王浦生保留，李全有上士则被消失了。

　　2．在影片中多出来的人物有两个半。可能是因为剧情的需要，在影片中，被新创造出小说中没有的剧中人。他们是，由克里斯蒂安·贝尔扮演的美国人约翰、外号叫“小蚊子”的妓女和“汉奸”翻译。贝尔出演的其实是个“假神甫”、真殡葬工的角色，在影片中，他顶替了英格曼神甫成为故事的主角，并且让小说里的主角英格曼莫名其妙地死亡而“出戏”，并且精心设计出“假神甫”为了安葬英格曼而来到了教堂，为他的“出场”找到了合适的理由。“小蚊子”在影片中被定位为一个能吵会闹、自私且软弱的角色，她的出现，削弱了小说中妓女红菱的形象。在影片中多出的半个人物是被少女们骂为“汉奸”的翻译，他在小说里是唱经班少女之一的徐小愚父亲，一个来自上海的商人，为了救出其女儿，不惜牺牲大量财物，买通日军军官，终于成功地救出自己的女儿，还有其他的两个女孩，使唱经班的少女有16人变为13人。在影片中部分保留了这个角色，他冒险为教堂送来了修卡车的工具，但未能带走她的女儿，并且最终被日军军官枪杀在教堂门前。

　　3．几个小说里的人物结局在影片中被修改。主要有，伤兵浦生在小说里的交待是安徽人，家乡距离南京一两百里，兵龄才有一个月，是从家门口的红薯地里被直接拉进兵营，套上军装年龄只有十五岁的大男孩。埋尸队员发现他和上士李全有虽然受了重伤，但还没有死掉，被送进了教堂内，后来，还是这个埋尸队员，引来日本军到教堂内搜捕中国兵，不仅指认出他送进教堂的两位中国俘虏，并且错认了李教官，造成了三个藏匿在教堂里的中国官兵均遭到日军的杀害。在影片中，浦生被修改为家在南京江北的浦口，负伤后是被李教官背进教堂里的。在影片中，教堂雇工陈乔治自己主动要求男扮女装，充当13个妓女之一，去参加日军的圣诞晚会，实际是去送死的，他这个慷慨赴死的情节，在小说里是没有的，他是被日军开枪打死的。在影片中，妓女香兰在陪同豆蔻去夫子庙的妓院找自己的耳环，被日军枪杀，而在小说里只有豆蔻一人悄悄地溜出教堂。香兰之死，可能是为了给陈乔治扮妓女让路。影片中被修改的最突出之处，是唱经班少女们的结局，她们是被约翰假神甫装在卡车里，并且是压在货物底下骗过了日本的哨卡，拉出了南京郊外，逃离了教堂险境的。而在小说里，是美国人魏特琳，从国际安全区里开来了一辆救护车，并且带来了一名理发师，帮助女孩子们女扮男装，成为一群小男生，全部换上条纹病号服，先把她们送进了安全区，然后偷偷地送到南京附近的乡下，再从那里乘船到芜湖，而后转船去了汉口。对13个妓女的最终命运，影片中没有交待，留给人们去想象，而在小说里这些女人最终命运是很明确的。即赵玉墨是13个女人中唯一活下来的。在那次日本军官分享13个“女学生”时，其中两个女人企图用牛排刀反抗未遂，当场被杀害。其余11个女人在被发放到刚刚建立的慰安所，于两三年内相继死去的有10人。她们有的是试图逃亡被击毙的，有的是染病而死，个别是自杀的。只有赵玉墨因相貌和格调出众，享受她的是中下级军官，对她的把守渐渐放松，使她终于逃跑成功。

　　4．开头和结尾不完全一样。小说的开头是用倒叙的手法，叙述出1946年在南京军事法庭公审日本战犯时的人群中，“我的姨妈孟书娟”，发现了整过容的赵玉墨，结尾又明确交待了13名妓女的结局，首尾呼应，人物的命运十分地清晰。在影片中，删去了小说首尾的全部情节。此外，影片开头的中国军官，带领守李教官军的一个残部群体，与日军展开激烈的巷战、炸坦克，掩护唱经班少女们逃回教堂的场景，则在小说中是没有的。

　　5．主人公的身份和相互关系有所不同。在小说里，用第一人称“我的姨妈孟书娟”的口气，展开了叙述，交待了故事的情节。在影片中，也是用了第一人称“我”，但“我的姨妈”不见了，换成了“我”，变成了书娟的自叙，很显然，这里的孟书娟是指的自己。在小说里，赵玉墨爱慕和爱恋的男人是李教官和几名中国军人，而法比副神甫暗恋着赵玉墨。而在影片中，赵玉墨却成了假神甫约翰追逐和爱慕的对象，并且最终赵玉墨投入了这位洋人的怀抱里。